Pod mikroskopem pleśń odsłania gęstą sieć nitkowatych strzępek zwanych grzybnią, które rozgałęziają się i tworzą wielokierunkowy „dywan” komórek.
Przy większym powiększeniu widać poprzeczne przegrody (septa) dzielące strzępki na komórki oraz pęcherzykowate lub maczugowate zarodnikonosnie, na których powstają zarodniki.
Te zarodniki – często kuliste lub elipsoidalne – układają się w łańcuszki lub skupiska i mogą przyjmować różne barwy, od bezbarwnych po intensywnie zielone, niebieskie czy czarne, zależnie od gatunku.
